最終更新日：2026年7月3日

外国籍社員・駐在員の税務は、居住形態の判定を起点に、源泉徴収・年末調整・確定申告・租税条約・株式報酬・出国時手続きへと論点が連鎖します。入口の判定を誤ると、源泉徴収漏れの追徴（不納付加算税原則10%・延滞税）や本人の申告漏れに直結します。本記事では、外国籍社員の税務を11のテーマに整理し、実務に必要な期限・様式名・税率をまとめました。詳細はシリーズ各記事で解説しています。

01居住者・非居住者の判定と課税範囲

外国籍社員の税務処理で最初に行うべきは、居住者か非居住者かの判定です。所得税法上、日本国内に「住所」を有する者、または現在まで引き続き1年以上「居所」を有する者が居住者とされます。1年以上の勤務を前提に来日した社員は、入国日から居住者と推定されます。

居住者の分類と課税範囲

この判定を誤ると、源泉徴収額の過不足や確定申告の要否に直接影響します。特に来日直後の社員は居住者への切替時期に、来日5年前後の社員は永住者区分への移行時期に注意が必要です。

▶ 詳しくは：外国籍社員の確定申告・年末調整の税務リスク4選｜人事担当者向け解説

02外国籍社員の源泉徴収と年末調整

外国籍社員の給与に対する源泉徴収は、居住者・非居住者の区分によって大きく異なります。

居住者の場合

日本人社員と同様に源泉徴収税額表に基づいて源泉徴収を行い、年末調整も原則対象です。ただし以下に注意が必要です。

• 扶養控除等申告書：国外居住親族も対象となりえますが、親族関係書類・送金関係書類が必要。30歳以上70歳未満は、留学・障害者・年38万円以上の送金受領のいずれかに該当しない限り対象外（令和5年分以後）
• 社会保険料控除：海外の社会保険料は原則控除対象外（社会保障協定等による例外あり）
• 住宅ローン控除・生命保険料控除：非居住者期間中は適用不可、外国の保険会社との契約は原則対象外など制限あり
• 年の中途で来日した社員：来日後（居住者期間）の給与のみが年末調整の対象

非居住者の場合

国内源泉所得に対して原則20.42%（復興特別所得税込み）の税率で源泉徴収し、課税関係は原則そこで完結します。年末調整は行いません。租税条約により軽減・免除される場合は届出書の提出が必要です（§04参照）。

▶ 詳しくは：外国籍社員の給与・源泉徴収・年末調整｜人事が知るべき実務ポイント

03確定申告が必要なケースと手続き

外国籍社員の多くは年末調整で課税関係が完結しますが、以下のケースに該当する社員は本人による確定申告が必要です。人事部門は年末調整の段階で該当者を特定し、期限と必要書類を案内する体制が重要です。

確定申告が必要となる主なケース

• 2か所以上から給与を受けている：従たる給与等の合計が年20万円を超える場合
• 給与収入が2,000万円を超える：年末調整の対象外のため全員申告が必要
• 海外親会社から直接支払われる給与・RSU等がある：国内で源泉徴収されない給与は年末調整で精算できず、原則申告が必要
• 非永住者で国外源泉所得と国外からの送金がある：送金課税により申告すべき所得が増加（計算例1参照）
• 年の中途で退職し年末調整を受けていない、または出国する：出国者は原則出国時までに申告（納税管理人を届け出れば通常期限まで）
• 副業・不動産・株式譲渡・暗号資産等の所得が年20万円を超える
• 外国税額控除・医療費控除・寄附金控除等の適用を受けたい：義務ではなく任意の還付申告

申告期限（令和7年分）

令和7年分（2025年1月〜12月の所得）の確定申告期間は、2026年2月16日（月）から3月16日（月）までです（2026年3月15日が日曜日のため期限は翌月曜日）。所得税の納付期限も同日で、振替納税の口座引落しは例年4月中旬〜下旬です。還付申告は2026年1月1日から5年間提出できます。

本人に案内すべき必要書類

• 給与所得の源泉徴収票（複数社勤務の場合は全社分）
• 海外払い給与・RSUの支給明細（権利確定通知等）
• 国外からの送金記録（非永住者の送金課税の判定用）
• 外国所得税の納付を証明する書類（外国税額控除用）
• 生命保険料・iDeCo等の控除証明書
• マイナンバー確認書類・在留カード
• 還付金の受取口座（本人名義の国内口座）

確定申告の実務フロー

外国籍社員の確定申告には、海外所得の円換算、外国税額控除、非永住者の課税範囲判定など特有の論点があります。人事部門は、①12月の年末調整時に申告対象者をリストアップ、②1月に必要書類の収集を依頼、③期限までに申告完了を確認、の3段階管理が実務的です。日本語での申告が難しい社員には、英語対応の確定申告代行サービスの案内も有効です。

04租税条約の適用と免税手続き

日本は80以上の国・地域と租税条約を締結しており、外国籍社員の所得に対する二重課税を防止する仕組みがあります。人事担当者が理解すべき主要な条項は以下のとおりです。

主要な租税条約条項

条約の適用を受けるには、給与等の最初の支払日の前日までに「租税条約に関する届出書」を、支払者である会社を経由して所轄税務署へ提出します。短期滞在者免税は様式7、教授等・留学生・事業等の修習者は様式8を使用します。日米租税条約のように特典条項（LOB条項）を有する条約では、「特典条項に関する付表」と相手国の居住者証明書の添付も必要です。

05ストックオプション・RSUの税務

外資系企業の外国籍社員に多いストックオプション（SO）やRSU（譲渡制限付株式ユニット）は、国際税務上最も複雑な論点の一つです。

課税タイミングと所得区分

ストックオプションの課税は、付与時の状況（税制適格・非適格）、行使時・売却時の居住地国によって異なります。特に、付与から行使・権利確定までの間に国をまたいで異動した場合、勤務期間按分による課税が必要になるケースがあります。

• 非適格ストックオプション：行使時に給与所得として課税
• 税制適格ストックオプション：行使時は非課税、売却時に譲渡所得として課税（税率約20%）
• RSU：権利確定（ベスティング）時に給与所得として課税。海外親会社からの直接付与は国内で源泉徴収されないため、原則本人の確定申告が必要

なお、海外親会社が国内の役員・使用人に株式報酬を付与した場合、国内子会社には「外国親会社等が国内の役員等に供与等をした経済的利益に関する調書」の提出義務（翌年3月31日期限）があります。税務署は付与実態を把握しており、本人任せの申告漏れは高確率で発覚します。

▶ 詳しくは：外国籍社員のストックオプション・海外資産の税務ガイド｜人事担当者向け

06出国・帰任時の税務手続き

外国籍社員が帰任・出国する際には、通常の退職手続きに加えて税務上の特別な対応が必要です。

出国前に必要な手続き

1. 準確定申告：出国日までの所得について確定申告（出国前に行うのが原則。納税管理人を届け出れば通常期限まで延長可）
2. 納税管理人の届出：還付金の受取や税務署からの連絡窓口として「所得税・消費税の納税管理人の届出書」を所轄税務署へ提出
3. 住民税の精算：1月1日時点で国内に住所がある場合はその年度分が全額課税されるため、一括徴収等への切替を調整
4. 社会保険の資格喪失手続き

国外転出時課税（出国税）の確認

出国時に有価証券等の対象資産を1億円以上保有し、かつ出国前10年以内の国内居住期間が5年超の場合、含み益に所得税が課税される国外転出時課税（出国税）の対象となります。ただし、就労系在留資格（入管法別表第一）での在留期間はこの5年判定に算入されないため多くの外国籍社員は対象外ですが、永住者・日本人の配偶者等（別表第二）の期間は算入されます。

出国後の留意事項

出国後も日本に不動産所得や退職所得がある場合は、非居住者として日本での申告義務が継続します。納税管理人を通じた手続きが必要です。

▶ 詳しくは：外国籍社員の出国・帰任時の税務手続き完全ガイド｜人事担当者向け

07退職金・年金の国際税務

外国籍社員の退職金は、居住者・非居住者の区分と勤務地国の期間配分により課税関係が複雑になります。

退職金の課税パターン

• 居住者として退職：退職所得控除を適用し、分離課税（日本人と同じ扱い）
• 非居住者として退職：国内勤務期間対応分に対し原則20.42%源泉徴収。「退職所得の選択課税」の適用で還付を受けられるケースあり
• 複数国にまたがる勤務：租税条約と国内法に基づき、勤務期間按分が必要

年金についても、日本の厚生年金に加入していた外国籍社員は脱退一時金の受給が可能です（請求期限は原則出国後2年以内、計算対象は被保険者期間最大5年分）。支給時に20.42%の源泉徴収が行われますが、退職所得の選択課税による還付申告（納税管理人経由）で税負担を軽減できる場合があります。

▶ 関連：外国人駐在員の帰任・退職時の税務ガイド【2026年最新版】

08人事担当者が陥りやすい税務リスク

外国籍社員の税務処理では、日本人社員とは異なる特有のリスクがあります。以下は、当事務所への相談で多く見られる6つの典型事例です。

これらの多くは、社内に判定・連携のプロセスがないことに起因します。自社の対応状況をまず把握したい場合は、外国籍社員の税務リスク診断ツール（無料）で現在地を確認することをお勧めします。

▶ 関連：外国籍従業員の税務管理体制の構築ガイド

09専門家に相談すべきタイミング

外国籍社員の税務は、一般的な税務処理と比べて格段に複雑です。以下のタイミングでは、国際税務の専門家への早期相談を強くお勧めします。

• 外国籍社員の初めての受入れが決まったとき
• 租税条約の適用可否を判断する必要があるとき
• 社員がストックオプションやRSUを保有しているとき
• 社員の帰任・出国が決まったとき
• 税務調査の通知を受けたとき
• 社員から海外資産・所得の申告について質問を受けたとき
• 複数国にまたがる勤務のアサインメントを計画するとき

依頼の要否の判断基準は外部専門家に依頼すべき5つのサインで解説しています。単発の論点確認であれば、スポット相談から始めるのが現実的です。

10基礎控除・給与所得控除の見直し（税制改正の要点）

基礎控除と給与所得控除は、「年収の壁」の見直しに伴い令和7年度改正・令和8年度改正と連年で引き上げられています。適用額は年分ごとに異なり、毎年見直されます。給与計算・年末調整の控除額設定は、必ずその年分の最新情報で更新してください。最新の適用額は国税庁「令和8年度税制改正による所得税の基礎控除の引上げ等について」で確認できます。

10-1. 基礎控除の引上げ（令和8年度改正）

令和8年度改正（令和8年12月1日施行・令和8年分以後）により、基礎控除の本則は58万円から62万円へ引き上げられました。居住者には合計所得金額に応じた加算があり、令和8年分の基礎控除額は次のとおりです（合計所得金額2,350万円超は改正なし・段階的に縮小）。

駐在員・エグゼクティブなど給与水準の高い社員は「655万円超2,350万円以下」に該当することが多く、基礎控除は62万円（改正前58万円）です。令和9年分・令和10年分以後はさらに見直しが予定されているため（令和10年分以後は物価変動に応じて2年ごとに見直し）、適用額は年分ごとに国税庁資料で確認してください。

10-2. 給与所得控除の最低保障額の引上げ

給与所得控除の最低保障額は、令和7年分で55万円→65万円へ、さらに令和8年分以後は65万円から74万円（令和8年度改正）へ引き上げられました。給与収入190万円以下の層に影響します。

10-3. 扶養親族等の所得要件・特定親族特別控除

扶養親族・同一生計配偶者等の合計所得金額の要件は、令和7年分で48万円→58万円へ、令和8年分以後は58万円から62万円（給与収入では136万円以下）へ引き上げられました。外国籍社員は母国に扶養親族がいるケースが多く、国外居住親族の要件（親族関係書類・送金関係書類等）とあわせた確認が必要です。あわせて、19歳以上23歳未満の親族を扶養する場合の特定親族特別控除（最大63万円）が令和7年に創設されています。

10-4. 人事担当者が対応すべきこと

• 給与計算・年末調整システムの控除額設定を、その年分の最新の税制に更新（改正のたびに再設定が必要。令和8年分は令和8年12月の年末調整から改正後の額で計算し、源泉徴収税額表は令和9年1月から改正）
• 扶養親族等の所得要件の引上げ（58万→62万）で新たに扶養控除等の対象となる社員に、扶養控除等申告書の提出を案内
• 国外居住親族がいる社員に、親族関係書類・送金関係書類の準備を早めに依頼
• 年末調整に反映しきれなかった控除がある社員には、確定申告（還付申告）を案内

11よくある質問（FAQ）