最終更新日：2026年7月3日

01在留審査で納税状況が問われる理由

結論から述べると、在留期間更新・在留資格変更の許可は出入国在留管理庁（入管）の裁量判断であり、法務省が公表する「在留資格の変更、在留期間の更新許可のガイドライン」は、判断の考慮事項として納税義務等公的義務の履行を明示しています。住民税や所得税の未納・滞納はこの考慮事項に照らしてマイナス評価となり、不許可、あるいは許可されても在留期間が短く付与される要因になります。

入管が納税状況を把握する主な手段は、申請時に提出させる住民税の課税（非課税）証明書と納税証明書です。課税証明書で前年の所得と税額を、納税証明書で実際の納付状況（未納の有無）を確認します。2012年の新しい在留管理制度への移行以降、入管と市区町村の情報連携も進んでおり、「書類を出さなければ分からない」という前提は成り立ちません。

02所属機関カテゴリー1〜4別｜納税関係書類の違い

在留期間更新の提出書類は、雇用主である所属機関のカテゴリーによって大きく異なります。就労系在留資格の代表である「技術・人文知識・国際業務」の更新を例にすると、カテゴリー1・2に該当する企業では本人の住民税証明書の提出が原則不要である一方、カテゴリー3・4では直近1年分の課税証明書・納税証明書の提出が必須です。自社がどのカテゴリーに当たるかを把握することが、社員への案内の第一歩になります。

2点補足します。第一に、カテゴリー1・2で「省略」されるのは提出書類であって審査そのものではありません。入管は必要に応じて資料の追加提出を求めることができ、未納が判明すれば同様に不利に働きます。第二に、住民税の証明書はその年度の賦課期日（1月1日）に住民票があった市区町村でしか取得できません。転居や転職の多い外国籍社員では前住所地への郵送請求が必要になり、取得だけで1〜2週間を要することがあります。

03住民税は特別徴収に｜普通徴収が生む未納リスク

給与所得者の住民税は、事業主が毎月の給与から天引きして納付する特別徴収が法律上の原則です（地方税法第321条の4）。しかし実務では、中途入社時の手続き漏れや前職からの引き継ぎ不備により、本人が納付書で直接納める普通徴収のままになっているケースが少なくありません。

普通徴収は多くの自治体で年4回（6月・8月・10月・翌年1月）の納付書払いです。日本語の納付書を読み取れないまま放置してしまう外国籍社員は珍しくなく、督促状にも気づかず延滞金が積み上がり、ビザ更新の場面で初めて納税証明書上の未納として顕在化します。特別徴収であれば会社が納付するため、本人起因の未納は構造的に発生しません。

切替に使う様式

年度の途中で普通徴収から特別徴収へ切り替えるには、市区町村へ「特別徴収切替届出（依頼）書」を提出します。また、転職者の特別徴収を途切れさせないためには、前職の事業主が退職時に「給与所得者異動届出書」（正式名称：給与支払報告・特別徴収に係る給与所得者異動届出書）を市区町村へ提出し、新しい勤務先で特別徴収を継続する旨を記載する必要があります。中途入社の受け入れ手続きに「住民税の徴収方法の確認」を必ず組み込んでください。なお、退職して出国する社員の住民税一括徴収は出国・帰任時の税務手続き、帰任・退職全体の流れは外国人駐在員の帰任・退職の税務ガイドで解説しています。

04未納が判明した場合のリカバリー手順

未納が見つかった場合の原則は一つ、「申請前に発見し、申請前に解消する」ことです。状況別に3つの対応ルートを示します。

自社の外国籍社員対応にどの程度のリスクが潜んでいるかは、外国籍社員の税務対応 簡易リスク診断ツール（無料・約3分）で確認できます。

05在留期限3か月前からの逆算スケジュールと取得実務

在留期間更新の申請は在留期限の3か月前から受け付けられます。未納の解消や証明書の郵送請求には時間がかかるため、「受付が始まる3か月前の時点で、まず納税関係書類を取得して納税状況を確認する」ことを社内ルールにしてください。

在留期限までに申請していれば、審査結果が出るまでの間は入管法上の特例期間により、処分がされる時または期限から2か月を経過する日のいずれか早い日まで適法に在留・就労できます。ただし特例期間はあくまでセーフティネットであり、未納対応の時間を確保する意味でも早期着手が原則です。

納税関係書類の取得実務（費用・方法）

06永住許可申請の税務要件｜5年分・5税目・年金2年分

永住許可は「素行が善良であること」「独立の生計を営むに足りる資産又は技能を有すること」等が要件とされ（入管法第22条）、公的義務の履行は通常の更新より格段に厳しく審査されます。2019年5月の「永住許可に関するガイドライン」改定に伴い、提出書類も大幅に厳格化されました。就労系在留資格からの申請で求められる納税・社会保険関係の資料は次のとおりです。

ポイントは、審査対象が「最終的に納めたか」ではなく「期限内に納めてきたか」に及ぶ点です。現行の「永住許可に関するガイドライン」（令和8年2月24日改訂）は、申請時点において納税（納付）済みであったとしても、当初の納税（納付）期間内に履行されていない場合は、原則として消極的に評価される旨を明記しています。申請直前に過去の未納や期限後納付の履歴を遡って消すことはできません。永住取得を希望する社員には、入社時点から特別徴収の徹底と社会保険の適正な加入を前提に、5年分（年金・医療保険は直近2年分）の記録を計画的に積み上げる支援が必要です。

07確定申告が必要なケース（要点整理）

納税証明書に現れる問題は住民税の未納だけではありません。確定申告義務の不履行は、申告所得税の無申告・未納として証明書に波及します。外国籍社員で申告が必要になる代表例は次のとおりです。

• 給与収入が2,000万円を超える（年末調整の対象外）
• 2か所以上から給与を受けている
• 海外親会社から付与されたRSU等の権利確定（ベスティング）益がある（国内で源泉徴収されない給与所得となるため。詳細はRSU・株式報酬の課税実務）
• 給与以外の所得（海外不動産収入・雑所得等）が20万円を超える
• 年の途中で入国・出国し、年末調整が完結しない

要否判定の全体像と年間スケジュールは外国籍社員の確定申告 完全ガイドに、年末調整との関係と典型的な失敗パターンは外国籍社員の確定申告・年末調整｜4つの税務リスクに整理しています。本稿では「未申告は納税証明書を経由して在留審査に波及する」という一点を押さえてください。

08HR部門のチェックリスト

• 全外国籍社員の住民税が特別徴収になっているか（普通徴収者がゼロか）を年1回確認する
• 中途入社の受け入れ手続きに「住民税の徴収方法確認」と「特別徴収切替届出（依頼）書」の提出を組み込む
• 在留期限を一覧管理し、3か月前アラートで書類準備を開始する
• 更新3か月前の時点で課税・納税証明書を取得し、未納の有無を確認する（自社カテゴリーが1・2でも推奨）
• 未納判明時のフロー（完納→証明書再取得／分納相談→領収証書保管）を社内で文書化する
• 永住希望者は5年分の納税記録・2年分の年金等納付記録を継続的にモニタリングする
• 確定申告義務者（2,000万円超・2か所給与・RSU等）を毎年1月にリストアップして案内する

09まとめ

ビザ更新の税務要件は、「所属機関カテゴリー3・4であれば住民税の課税・納税証明書 直近1年分」「永住許可であれば住民税5年分・国税5税目の納税証明書（その3）・年金等2年分」と、書類レベルまで具体化できます。未納が見つかっても、申請前の完納、または分納相談と領収証書による納付実績の証明でリカバリーは可能です。ただしいずれも時間を要するため、在留期限の3か月前を起点とした逆算管理が前提になります。

特別徴収の徹底、在留期限の一元管理、申請前の納税チェックという3つの仕組みを社内に組み込めば、税務起因の在留リスクの大半は予防できます。分納中の申請や過年度の無申告といった個別性の高い判断は、税務と在留資格の両面から専門家の関与を検討してください。

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