外国人社員の確定申告 完全ガイド【2026年版】｜人事担当者が知るべき全知識
risa外国人社員を雇用する企業の人事担当者にとって、確定申告・年末調整・源泉徴収などの税務手続きは最も複雑な業務の一つです。本ガイドでは、外国籍社員の税務に関するあらゆる論点を網羅的に解説します。居住者・非居住者の判定から、租税条約の適用、出国・帰任時の手続きまで、人事担当者が知るべき全知識をまとめました。
目次
1. 居住者・非居住者の判定と課税範囲
外国人社員の税務処理で最初に行うべきは、居住者か非居住者かの判定です。所得税法上、日本国内に「住所」を有する者、または現在まで引き続き1年以上「居所」を有する者が居住者とされます。
居住者の分類
| 分類 | 条件 | 課税範囲 |
|---|---|---|
| 永住者 | 居住者のうち、日本国籍がある者、または過去10年以内に5年超日本に住所・居所がある者 | 全世界所得 |
| 非永住者 | 居住者のうち、日本国籍がなく、過去10年以内に5年以下の住所・居所 | 国内源泉所得＋国外源泉所得のうち国内払い・送金分 |
| 非居住者 | 居住者以外の個人 | 国内源泉所得のみ |
この判定を誤ると、源泉徴収額の過不足や確定申告の要否に直接影響します。特に来日直後の外国人社員は非居住者から居住者への切り替わりタイミングに注意が必要です。
▶ 詳しくは：外国籍社員の確定申告・年末調整の税務リスク4選｜人事担当者向け解説
2. 外国人社員の源泉徴収と年末調整
外国人社員の給与に対する源泉徴収は、居住者・非居住者の区分によって大きく異なります。
居住者の場合
日本人社員と同様に、給与所得の源泉徴収税額表（月額表・日額表）に基づいて源泉徴収を行います。年末調整も原則として対象です。ただし、以下の点に注意が必要です。
- 扶養控除等申告書：外国に居住する親族も扶養控除の対象となりえますが、親族関係書類・送金関係書類の添付が必要
- 社会保険料控除：海外の社会保険料は原則控除対象外（租税条約による例外あり）
- 住宅ローン控除：非居住者期間中は適用不可
非居住者の場合
国内源泉所得に対して原則20.42%の税率で源泉徴収します。年末調整は行いません。租税条約により軽減・免除される場合は、届出書の提出が必要です。
▶ 詳しくは：外国籍社員の給与・源泉徴収・年末調整｜人事が知るべき実務ポイント
3. 確定申告が必要なケースと手続き
外国人社員であっても、以下のケースでは確定申告が必要です。
居住者の場合
- 給与収入が2,000万円超
- 2か所以上から給与を受けている
- 給与以外の所得が20万円超
- 年の途中で出国（準確定申告）
- 外国税額控除を適用する場合
- ストックオプション行使による所得がある場合
非居住者の場合
- 源泉徴収されない国内源泉所得がある
- 不動産所得がある
- 租税条約の適用を受けたい場合
- 源泉税の還付を受けたい場合
確定申告の実務フロー
外国人社員の確定申告では、日本語での書類作成に加え、海外所得の換算、外国税額控除の計算など特有の論点があります。人事部門としては、必要書類の収集サポートと税理士との連携が重要です。
▶ 詳しくは：外国籍社員の社会保険・住民税の実務ポイント｜人事担当者向けガイド
4. 租税条約の適用と免税手続き
日本は80以上の国・地域と租税条約を締結しており、外国人社員の所得に対する二重課税を防止する仕組みがあります。人事担当者が理解すべき主要な条項は以下のとおりです。
主要な租税条約条項
| 条項 | 内容 | 人事への影響 |
|---|---|---|
| 短期滞在者免税 | 183日以内の滞在で一定要件を満たす場合、給与所得が免税 | 短期出張者の源泉徴収不要の可能性 |
| 教授・教師条項 | 教育・研究目的で来日した場合、一定期間免税 | 大学・研究機関との提携時に確認 |
| 学生条項 | 留学生の生活費・教育費に充てる所得が免税 | インターンシップ受入時に確認 |
▶ 詳しくは：外国籍社員の租税条約・二重課税の実務ポイント｜人事担当者ガイド
5. ストックオプション・RSUの税務
外資系企業の外国人社員に多いストックオプション（SO）やRSU（譲渡制限付株式ユニット）は、国際税務上最も複雑な論点の一つです。
課税タイミングと所得区分
ストックオプションの課税は、付与時の状況（税制適格・非適格）、行使時の居住地国、売却時の居住地国によって異なります。特に、付与から行使までの間に国をまたいで異動した場合、勤務期間按分による課税が必要になるケースがあります。
- 非適格ストックオプション：行使時に給与所得として課税。源泉徴収義務あり
- 税制適格ストックオプション：売却時に譲渡所得として課税
- RSU：ベスティング（権利確定）時に給与所得として課税
▶ 詳しくは：外国籍社員のストックオプション・海外資産の税務ガイド｜人事担当者向け
6. 出国・帰任時の税務手続き
外国人社員が帰任・出国する際には、通常の退職手続きに加えて税務上の特別な対応が必要です。出国前に完了すべき手続きと、出国後に必要な手続きがあります。
出国前に必要な手続き
- 準確定申告：出国日までの所得について確定申告（出国前に行うのが原則）
- 納税管理人の届出：出国後に還付金の受取や税務署からの連絡窓口が必要
- 住民税の精算：1月1日時点で住所がある場合、その年度の住民税が課税される
- 社会保険の資格喪失手続き
出国後の留意事項
出国後も日本に不動産所得や退職所得がある場合は、非居住者として日本での申告義務が継続します。納税管理人を通じた手続きが必要です。
▶ 詳しくは：外国籍社員の出国・帰任時の税務手続き完全ガイド｜人事担当者向け
▶ 関連：外国人駐在員の帰任・退職時の税務ガイド【2026年最新版】
7. 退職金・年金の国際税務
外国人社員の退職金は、居住者・非居住者の区分と勤務地国の期間配分により課税関係が複雑になります。
退職金の課税パターン
- 居住者として退職：退職所得控除を適用し、分離課税（日本人と同じ）
- 非居住者として退職：退職金の支払額に対し原則20.42%源泉徴収。ただし「退職所得の選択課税」の適用で還付を受けられるケースあり
- 複数国にまたがる勤務：租税条約に基づき、勤務期間按分が必要
年金についても、日本の厚生年金に加入していた期間がある外国人社員は、脱退一時金の受給が可能です（原則出国後2年以内に請求）。
▶ 退職シリーズの詳細記事：
8. 人事担当者が陥りやすい税務リスク
外国人社員の税務処理では、日本人社員とは異なる特有のリスクがあります。以下は、当事務所への相談で多く見られる事例です。
❌ リスク1：居住者判定の誤り
来日直後を非居住者として処理し続け、年末に遡って修正が必要に。追加源泉徴収と延滞税が発生するケースがあります。
❌ リスク2：租税条約届出の未提出
免税対象なのに届出書を提出しておらず、源泉徴収してしまい、後から還付請求に。本人の不満と事務負担が増大します。
❌ リスク3：海外報酬の申告漏れ
本国親会社からの報酬やRSUを日本で申告しておらず、税務調査で指摘されるケース。永住者は全世界所得が課税対象です。
❌ リスク4：帰任時の手続き漏れ
準確定申告や納税管理人届出をせずに出国。住民税の特別徴収が継続できず、会社に督促が届くケースがあります。
▶ 詳しくは：外国籍社員の税務 よくある失敗事例と対策｜人事部門向け
9. 専門家に相談すべきタイミング
外国人社員の税務は、一般的な税務処理と比べて格段に複雑です。以下のようなタイミングでは、国際税務の専門家への早期相談を強くお勧めします。
- 外国人社員の初めての受入れが決まったとき
- 租税条約の適用可否を判断する必要があるとき
- 社員がストックオプションやRSUを保有しているとき
- 社員の帰任・出国が決まったとき
- 税務調査の通知を受けたとき
- 社員から海外資産・所得の申告について質問を受けたとき
- 複数国にまたがる勤務のアサインメントを計画するとき
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📚 関連記事一覧
人事担当者のための外国籍社員税務シリーズ
- ① 外国籍社員の確定申告・年末調整の税務リスク4選
- ② 外国籍社員の給与・源泉徴収・年末調整の実務
- ③ 外国籍社員の社会保険・住民税の実務ポイント
- ④ 外国籍社員の租税条約・二重課税の実務
- ⑤ ストックオプション・海外資産の税務ガイド
- ⑥ 出国・帰任時の税務手続き完全ガイド
- ⑦ よくある失敗事例と対策
外国人駐在員の退職・帰任シリーズ
- 第1回 退職所得の基本と国際税務の概要
- 第2回 非居住者の退職金課税と選択課税
- 第3回 租税条約による退職金の取扱い
- 第4回 年金・社会保険の国際的調整
- 第5回 実務チェックリストとまとめ
その他の関連記事
よくある質問（FAQ）
Q1. 外国人社員の確定申告は会社がやるべきですか？
確定申告は原則として本人が行うものですが、年末調整で対応できる場合は会社側で処理が完結します。ただし、2か所以上から給与を受けている場合、年収2,000万円超の場合、ストックオプションやRSUの所得がある場合などは、本人による確定申告が必要です。人事担当者は対象者の特定と申告期限の案内を行うことが重要です。
Q2. 外国人社員の居住者・非居住者の判定基準は？
日本の所得税法では、日本国内に住所を有するか、または1年以上居所を有する個人を「居住者」と判定します。居住者のうち、日本国籍がなく過去10年間で国内に住所・居所を有する期間が5年以下の場合は「非永住者」となり、課税範囲が異なります。入国日からの滞在期間や雇用契約の期間が判定の重要な要素です。
Q3. 租税条約は外国人社員の税務にどう影響しますか？
租税条約は二重課税を排除するための国家間の取り決めで、給与所得の免税規定（いわゆる183日ルール）、配当・利子・使用料の源泉税率の軽減、退職年金の課税国の決定などに影響します。条約の適用を受けるには「租税条約に関する届出書」を所轄税務署に提出する必要があります。社員の出身国と日本の間に租税条約があるか確認することが第一歩です。
Q4. 外国人社員が帰国（出国）する際の税務手続きは？
外国人社員が出国する場合、出国日までの所得について準確定申告が必要です。出国前に申告・納付を済ませるか、納税管理人を選任して出国後に手続きを委任します。また、1億円以上の有価証券等を保有する場合は「国外転出時課税」の対象となる場合があります。住民税は1月1日時点の住所で課税されるため、出国時期によって取扱いが異なります。
Q5. ストックオプションやRSUの税務処理はどうなりますか？
税制適格ストックオプションの場合、権利行使時は非課税で株式売却時にキャピタルゲイン課税（約20%）となります。税制非適格の場合は、権利行使時に給与所得として課税されます。RSU（譲渡制限付株式ユニット）は、ベスティング時（制限解除時）に給与所得として課税されます。外国人社員の場合、日本勤務期間と海外勤務期間の按分計算が必要になるケースが多く、専門家への相談を推奨します。
Q6. 外国人社員の年末調整で注意すべき点は？
主な注意点は以下の通りです。①居住者判定（非居住者は年末調整の対象外）、②扶養控除（海外居住の親族は一定の要件と送金書類が必要）、③生命保険料控除（海外の保険会社の場合は対象外）、④住宅ローン控除の適否、⑤マイナンバーの取得状況の確認です。特に海外親族の扶養控除は、令和5年度税制改正により30歳以上70歳未満の非居住者親族への適用要件が厳格化されています。
