外国人駐在員の帰任・退職税務完全ガイド【2026年版】住民税一括徴収・納税管理人・脱退一時金還付まで
管理人
人事労務 / 国際税務
2026年対応版
税理士監修
外国人駐在員の「帰任・退職」
税務リスクと手続き
完全マニュアル
法的境界線とリスク対策を完全網羅
文字数: 約12,000字
「帰国した元社員の住民税の督促状が会社に届いた」
「善意で納税管理人を引き受けたら、税務署から何度も電話がかかってきて業務に支障が出た」
外国人駐在員（Expat）の受け入れ時以上に、トラブルが頻発するのが「帰任・帰国時」です。日本を離れる社員にとって、複雑な日本の税制は理解不能であり、会社任せになりがちです。しかし、会社がどこまで面倒を見るべきか、その線引きを誤ると、企業側に金銭的・事務的なリスクが跳ね返ってきます。
本記事では、国際税務の専門家である税理士の視点から、「絶対に会社がやるべき義務」と「外部の専門家へ委任すべき手続き」を明確に区分し解説します。
本記事の目次
- 01. 帰国時、会社に課される3つの法的義務
- 02. 「納税管理人」は誰がなるべき？
- 03. 確定申告が必要な5つのケース
- 04. 【重要】脱退一時金の「還付」について
- 05. 帰国後賞与・退職金の源泉徴収リスク
- 06. 実務担当者のためのQ&A
1. 帰国時、会社に課される3つの法的義務
まず、会社として避けて通れない法的義務を確認します。これらは社内で完結させる必要があります。
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出国時年末調整の実施
通常の年末調整とは異なり、1月1日から「出国日」までの給与等で計算します。社会保険料控除などは出国日までに支払った分のみが対象です。 -
住民税の一括徴収（1月～5月退職時は義務）
1月～5月の帰国者は、5月分までの住民税残額を一括徴収することが法律上の義務です。6月以降の帰国者についても、後日のトラブル（督促）を防ぐため、本人了承のもと一括徴収を強く推奨します。 -
社会保険の資格喪失手続き
帰国日の翌日（または退職日の翌日）に資格喪失届を提出します。同時に、厚生年金の加入期間が6ヶ月以上ある外国人社員には「脱退一時金」の制度を案内する義務（配慮義務）があります。
2. 「納税管理人」は誰がなるべき？人事担当者の悲劇
帰国後も日本で税務手続き（確定申告や納税）が必要な場合、「納税管理人」を選任して税務署へ届け出る必要があります。
よくある質問が「日本に残る同僚や、人事部の担当者が名前を貸してもいいですか」というものです。
🚫 人事担当者や友人が納税管理人になるリスク
- 税務調査の窓口になる：もし申告漏れがあった場合、税務署からの連絡は全て納税管理人に行きます。平日昼間に何度も対応を迫られます。
- 納税の立替リスク：本人が送金を忘れたり遅れたりした場合、納税管理人が一時的に立て替えざるを得ない状況になり、金銭トラブルに発展します。
- 還付金の管理責任：還付金を受け取る場合、納税管理人の口座に入金されます。それを海外送金する手間と手数料、着金確認の責任が発生します。
こうしたリスクを回避するため、大企業では「納税管理人は会社関係者ではなく、外部の税理士法人を指定する」というルールを設けるケースが増えています。
3. 確定申告が必要な5つのケース（義務と権利）
年末調整で終わらず、確定申告が必要になるのは以下のケースです。特に「義務」のケースを放置すると、無申告加算税などのペナルティ対象となります。
| 区分 | 具体的なケース | 重要度 |
|---|---|---|
| 申告義務あり （しないと脱税） |
給与収入が2,000万円を超える | ★★★★★ |
| 不動産所得がある （持ち家を賃貸に出して帰国する場合など） |
★★★★★ | |
| ストックオプション（SO）の行使 （日本勤務期間分は課税対象） |
★★★★☆ | |
| 申告推奨 （すると得する） |
脱退一時金の源泉税還付 （20.42%が戻ってくる） |
★★★★★ |
| 医療費控除・寄付金控除 （高額な医療費がかかった年など） |
★★★☆☆ |
4. 【重要】脱退一時金の「還付」で社員の手取りを増やす
ここが、外部の専門家へ依頼する大きなメリットといえます。
帰国した外国人は、支払った厚生年金の一部を「脱退一時金」として受け取れますが、支給時に20.42%の所得税が源泉徴収（天引き）されてしまいます。
💰 確定申告（還付申告）により源泉徴収税額の還付が可能
この天引きされた税金は、税務署に「退職所得の確定申告」を行うことで、その多くを還付金として取り戻すことができます。
しかし、この手続きは「日本国内に居住する納税管理人」を通さなければ行えません。本人が海外から直接行うことは不可能です。
手取り額：約79万円（約20万円が税金で引かれる）
⇒ 納税管理人を通じて申告すれば、この約20万円が還付されます
会社として「専門家に納税管理人を依頼すれば、還付金手続きもセットで行われる」と案内することは、社員に対する手厚い福利厚生となります。
5. 会社を守る！帰国後賞与・退職金の源泉徴収
経理・税務部が最も警戒すべき事項です。
帰国日以降に支払われる金銭は「非居住者に対する支払い」となり、国内の源泉徴収ルールとは全く異なるルールが適用されます。
① 帰国後に支払う賞与（ボーナス）
対象期間に日本勤務期間（居住者期間）が含まれている場合、その全額（または按分額）に対して一律20.42%の源泉徴収が必要です。
※通常の「賞与の源泉徴収税額表」は使いません。年末調整もしません。
② 退職金
非居住者になってから退職金を受け取る場合も、原則20.42%の課税です。ただし、「退職所得の選択課税」という制度を使えば、居住者と同様の有利な計算（退職所得控除の適用）を行い、税額を抑える（還付を受ける）ことが可能です。これにも確定申告が必要です。
6. 実務担当者のためのQ&A（銀行、引越し代など）
Q. 帰国する社員が保有する銀行口座はどうすればいいですか？
近年、マネーロンダリング対策で非居住者の口座維持は極めて困難です。原則解約ですが、最後の給与や退職金の振込があるため、タイミングが難しいのが実情です。
解決策： 税理士が納税管理人となる場合、還付金等の受領は納税管理人名義の口座（預り金口）を使用できるため、本人は出国前に口座を解約して帰国することが可能です。
Q. 「出国税（国外転出時課税）」の対象かどうかの判定基準は？
対象資産（有価証券等）が1億円以上あるかどうかが基準ですが、ここには「未行使のストックオプション」や「RSU（譲渡制限付株式）」も含まれる場合があります。特に外資系企業の幹部クラスは対象になる可能性が高いため、必ず出国前に専門家による資産評価と判定を行う必要があります。
Q. 帰国後にストックオプションを行使した場合の税金は？
帰国後（非居住者期間）に行使した場合でも、権利付与から権利確定までの期間のうち「日本勤務期間」に対応する利益は、日本の国内源泉所得として課税されます。企業側には20.42%の源泉徴収義務が発生するケースが多く、計算が非常に複雑です。この計算および申告についても当法人にて代行可能です。
この記事の監修者
税理士 山口 淳也
ESPERANZA CONSULTING GROUP 代表
国際税務・外国人雇用の税務処理に精通。多くの企業のグローバル展開を税務面からサポートしている。
免責事項：本報告書は2026年1月1日時点の法令および入手可能な情報に基づき作成されたものであり、一般的な情報の提供を目的としています。個別の税務・会計処理にあたっては、必ず顧問税理士等の専門家にご相談ください。
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